花生种子通常称为花生仁或花生米。成熟种子外形，一端钝圆或较平(子叶端)，另一端较突出(胚端)。种子形状可分为椭圆形、三角形、桃形、圆锥形和圆柱形5种。普通型品种种子多为椭团形、较长，珍珠豆型品种多为桃形、较短圆。通常以饱满种子百仁重表示花生品种的种子大小，分为大粒种、中粒种、小粒种3种。百仁重在80克以上的为大粒种，50~80克的为中粒种，50克以下的为小粒种。也可以每千克子仁粒数来反映种子大小。品种间种子大小差异主要取决于品种遗传因素、自然条件、栽培措施和种子成熟度。适宜的环境和良好的栽培条件有利于荚果充实饱满。普通m大粒品种百仁重可达100克，一些珍珠豆型品种百仁重不足50克。同一植株上种子大小和成熟度差异很大。

在两室荚果中，通常前室种子较后室种子发育晚，重盘轻。种子由种皮、胚两部分构成。种皮颜色(以晒干新剥壳的成熟种子为准)大体分为紫、紫红、紫黑、红、深红、粉红、淡红、浅揭、淡黄、红白相问、白色等11种，以粉红色品种最多。种皮颜色受环境和栽培条件影响甚小，可作为区分花生品种的特征之一。种皮主要起保护作用，防止有害微生物的侵染。胚分为胚芽飞胚轴、胚根及子叶四部分。子叶较大，两瓣，肥厚而有光泽，贮存有丰富的脂肪、蛋白质及其他营养物质。种子发芽时，子叶内所贮藏的营养物质经过复杂的转化，供给发芽出苗所需养分。胚芽由1个主芽及2个子叶节侧芽组成。主芽发育成主茎，子叶节侧芽发育成第一对侧枝。种子近尖端部分种皮表面有一白痕为种脐。

花生种子休眠期的长短，因品种而异。一般早熟品种休眠期短，为9-50天;中晚熟品种休眠期长，为100-120天;有些晚熟品种可长达150天。珍珠豆型与多粒型休眠期较短，有的甚至在收获不及时的情况下，常在植株上大量发芽，造成损失。利用乙烯利、激素等处理，或应用晒种、浸种、催芽等处理，能有效地解除休眠。