花生根为圆锥根系，由主根和次生根组成。在土壤湿润条件下，胚轴及侧枝基部也可能发生不定根。主根由胚根直接长成，可深达2米左右，根群主要分布在30厘米内土层中。由主根上分生出的侧根称一次侧根，一次侧根分生出的侧根称二次侧根，依此类推。侧根在苗期有数十条，开花时可达数百条。

土壤性质好坏，与根系生长极为密切。土层深厚、透气性好的土壤，对根系生长有利;土层疥薄的丘陵地或翰重士壤，根系分布范围小，数量也少;沙壤土透气性好，但保水保肥力差，对根系发育不利。根主要起着吸收、输导、支持等作用，并具有合成氨墓酸、激素等物质的功能。根系从土壤中吸收水分和矿物质营养元素，通过导管输送到地上各部分器官，而由叶片合成的光合产物则通过韧皮部的筛管往下运输到根系的各个部分，供给根的生长。

花生根部长着许多圆形突出的瘤，叫“根瘤”。着生在根颈和主侧根基部的根溜较大，固氮力较强，着生在侧根和次生细枝根上的根瘤较小，固氮能力较弱。根瘤形成初期，根瘤菌的固氮活动很弱，不但不能供给花生氮索营养，还需吸收根系的营养来维持它的生命。随着花生的生长，根瘤菌的固氮能力逐渐增强，始花后与花生成为“共生”关系。花生结荚初期，根瘤菌固氮能力最强，是为花生供氮最多的时期。